Celem operacji jest wyleczenie przetoki przy jednoczesnym uniknięciu uszkodzenia mięśni zwieraczy, pierścienia mięśni otwierających i zamykających odbyt, co może potencjalnie prowadzić do utraty kontroli nad jelitami. Najczęstszym rodzajem operacji w przypadku przetoki odbytniczej jest fistulotomia. Polega ona na przecięciu przetoki na całej jej długości w celu jej otwarcia, tak aby goiła się jako blizna płaska. Fistulotomia jest najskuteczniejszą metodą leczenia wielu przetok odbytu, chociaż zazwyczaj jest ona odpowiednia tylko w przypadku przetok, które nie przechodzą przez większą część mięśni zwieraczy, ponieważ ryzyko nietrzymania jest w tych przypadkach najmniejsze. Jeżeli przetoka przechodzi przez znaczną część mięśnia zwieracza odbytu, chirurg może początkowo zalecić założenie setonu. Podczas zabiegu podwiązania przetoki międzykręgowej (LIFT), w skórze nad przetoką wykonuje się nacięcie, a mięśnie zwieracza są odsuwane. Następnie przetoka jest zamykana na obu jej końcach i cięcie jest otwarte, tak aby leżała płasko.